Fundacja Centrum Kopernika została powołana w 2008 r. z inicjatywy ks. prof. Michała Hellera, w celu finansowania działań naukowych, edukacyjnych, wydawniczych i popularyzacji nauki. Początkowo wyłącznie ze środków własnych Fundacji finansowane były działania Centrum Kopernika Badań Interdyscyplinarnych, także założonego w 2008 r. jako wspólna jednostka Uniwersytetu Jagiellońskiego oraz Uniwersytetu Papieskiego Jana Pawła II w Krakowie.
Obecnie Centrum Kopernika Badań Interdyscyplinarnych jest pozawydziałową jednostką Uniwersytetu Jagiellońskiego, realizującą działalność naukową i popularnonaukową. Fundacja Centrum Kopernika wspiera tę działalność, poprzez pozyskiwanie środków i realizację własnych zadań naukowych i popularnonaukowych. Fundacja jest również współzałożycielem i współwłaścicielem wydawnictwa Copernicus Center Press, ponadto posiada udziały w spółce Tygodnik Powszechny – wydawcy „Tygodnika Powszechnego”.